朝鮮学校の運営に関わり、在日本朝鮮人総連合会（朝鮮総連）の関与が深いとされる「教育会」が、神奈川県の学費補助金を“徴収”していた事実は、補助金制度が保護者の負担軽減につながっていない実態だけでなく、学校運営の内情を見過ごしてきた行政の責任も問い質している。
「補助金は個人に振り込まれるが、学校のものだから戻してほしい」
朝鮮学校に子供を通わせる保護者によると、教育会から児童・生徒を通じて配布されたプリントには、こうした趣旨の文言が書かれていたという。
「払わないといけない」という雰囲気に、県からの補助金をやむなく教育会に納付したという保護者の一人は「補助金がどのように使われているのかも全く明らかにされていないのに、全額を払うように言われた。納得できない」と憤る。
神奈川県は県内の朝鮮学校５校に対し、運営費補助として平成２４年度まで年間計６千万円前後の補助金を支給してきたが、「核実験を強行した国の強い影響下にある学校へ補助を続けることは、県民の理解が得られない」（黒岩祐治知事）として２５年度の補助金支給をストップ。
ところが、黒岩知事は２５年１２月、「生徒には罪はないという理念を形にした、一つの提案」などとして補助金支給を復活させる考えを発表。２６年１１月に県担当者が高級部３年の現代朝鮮史の授業を見学し、生徒が北朝鮮による拉致問題について明確に記述した独自の教科書を使っていることを確認したとして、県は２６年度から、児童・生徒へ補助金を直接支給する形で補助金制度を“復活”させた。
２６年度に児童・生徒に直接支払った学費補助金は約４２００万円で、今年度当初予算でも約５７００万円が計上されている。
朝鮮学校への補助金をめぐっては、「教育会」元幹部らの証言により、補助金が朝鮮総連に流用された実態も明らかになるなど、問題視されてきた。
拉致被害者の支援組織「救う会」会長の西岡力東京基督教大教授は「とんでもない話だ。県は実態を調査し、事実が確認できれば補助金支給をやめるべきだ」と話している。